미사키 크로니클 ~다이버전스 이브~

서기 2300년대. 인류는 인플레이션 홀의 발견을 계기로 무한한 우주로 뻗어나가는 나가는 초광속 이동 인플레이션 드라이브를 발전시켜 나간다. 한편 지구에서 약 10 파섹 (파섹은 항성 또는 행성간 거리를 측정하는 단위명) 정도의 거리에는 인플레이션이션 드라이브 중계 스테이션 "왓쳐즈(Watchers) 네스트"가 있다.　
특수부대 세라핌의 후보생인 미사키는 스사나, 룩샌들러, 키리 등 다른 후보생들과 함께 태양계 내 훈련을 마친 후 다음 부임지인 왓쳐즈 네스트를 찾아간다. 그러나 이들 일행을 맞이한 것은 병행우주(패러렐 월드)에서 인플레이션 홀을 통해 침입해 들어온 이형 생명체 "구르"였다.

사실 이들의 부임지였던 왓쳐즈 네스트는 미지의 고등 생명체가 남긴 유적을 핵으로 한 행성 위에 세워진 중계 스테이션으로 우주 식민 개발 프로젝트의 주요 거점이었다. 그러나 그 존재 기반 자체가 외계 생명체의 유적라는 것은 처음부터 위험 요소를 내재한 것이나 다름없는 것이었다. 그러나 이런 위험요소를 덮어둔 채 개발은 진행되어 현재 왓쳐즈 네스트에 거주하고 있는 인구는 기술자, 개발관계자, 군인을 포함하여 약 천만명이나 된다.

그러나 우주 개발 사업이 본격화 되고, 인플레이션 홀을 이용한 초장거리 이동이 활발해진 시점에 갑작스레 나타난 외계 생명체의 존재는 우주 개발 그 자체를 뒤흔드는 위험 요소였다. 이에 정부와 개발공단은 이를 기밀에 붙여 일반인들에게는 절대 관련 정보가 누설되지 않게 정보 조작을 한 후 특수 부대 세라핌 창설을 서둘렀던 것이었는데....