장갑기병 보톰즈

아스트라기우스 은하를 양분하는 길가메스와 발라란트 진영은 원인도 모른체 100여년간 지루한 전쟁을 반복해오고 있었다.
 국지전으로 시작했던 사소한 전쟁이 은하계에 급속히 번져 200개의 행성이 전화의 불길에 휩싸이는 거대한 전쟁으로 번지고만 것이다.
 종전의 소문이 지친 전장 사이로 조심스럽게 들려오던 어느날, 길가메스 군 메르키아 방면 군에 소속된 키리코 큐비 상사는 모종의 임무를 띈 작전에 참여하여 목적지도 모른체 강습함을 타고 우주를 날고 있었다.
 강습함의 미사일 공격 직후 어느 기지로 침투한 키리코의 장갑기병(AT) 부대는 거기서 응전하는 아군을 목격하게 된다.
 키리코 큐비의 군대는 아군을 공격하고 있던 것이다.
 영문도 모른체 아군을 제압한 키리코, 작전의 목적을 묻는 그에게 지휘관은 그저 명령에 복종할 것을 요구한다.
 의문을 품은체 키리코는 경계 근무에 선다.
 
한편, 살아남은 기지 생존자의 기습을 가까스로 피해낸 키리코는 생존자의 포격으로 뚫려버린 벽 너머에서 캡슐형태의 장치를 목격한다.
 알 수 없는 호기심에 캡슐을 열어보는 그는 캡슐 속에 잠들어 있는 나신의 여인을 발견하게 된다.
 눈을 뜨고 아무런 감정없이 키리코를 바라보는 여인.
 때마침 키리코의 동료들이 캡슐 주의에 당도하고, 여전히 의문을 품은체 키리코는 정찰임무에 나서지만 순간 기지가 폭발하면서 키리코와 그의 장갑병은 그만 우주로 튕겨나가고 만다.
 
정신을 차리고 나니 정체불명의 장소에 결박된 키리코.
 이번에도 그는 영문도 모른체 작전의 목적을 말하라는 의문의 인물에게 심문을 받게 된다.
 키리코를 심문하는 이는 길가메스 군의 롯치나 대위로 결백을 주장하는 키리코를 그는 무참하게 고문한다.
 초인적인 정신력으로 심문을 견뎌낸 키리코는 방심의 틈을 타 탈주에 성공하게 되지만, 자존심에 상처받은 롯치나 대위는 키리코가 사건의 전말을 알고 있다고 확신하게 되는데.
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과연, 키리코는 이 지옥의 전장에서 탈출할 수 있을 것인가.
 그에 누명을 씌운 사건의 전모는 도대체 무엇일까, 그리고 그가 보았던 캡슐 속의 여인의 정체는 무엇일까.
 길가메스와 발라란트의 전쟁은 휴전을 맞았지만, 키리코의 전쟁은 아직 끝나지 않았다.