바이오하자드: 무한의 어둠

지금으로부터 6년 전인 2000년, 페남스탄 내전에 개입했던 미군 특수부대 소속 헬기가 하늘에서 추락했다. 전장에 있던 미 육군 '매드 독스'는 지휘대의 명령을 거부하고 추락한 헬기의 생존자를 구하기 위해 추락지점으로 향했다. 하지만 생존자는 없었고 모두 전멸했다. 매드독스의 지휘관 제이슨 또한, 그곳에서 살아남기 위해 고군분투해야 했다.

그러나 제이슨과 그 부대는 그곳에서, 이미 사망한 것으로 추정되는 특수부대의 대원들이 이상한 방식으로 움직이는 것을 포착했다.

현재인 2006년. 백악관 1급 기밀 파일을 누군가 해킹하려는 사건이 발생했다. 이를 조사하기 위해 '페남스탄의 영웅'인 레온 S.케네디, 제이슨 등 4명의 요원들이 백악관에 초정된다. 하지만 갑자기 불이 꺼지고 경보가 울리기 시작하고, 레온을 포함한 요원들은 SWAT팀과 함께 미상의 좀비 무리들을 상대하기 시작한다. 이후 레온과 다른 3명의 요원들은 상하이의 한 생물학 실험실과 이 사건이 관련이 있음을 포착한다. 이들은 최첨단 잠수함을 타고 상하이로 향했는데, 그러던 중 쥐와 비슷한 형상을 가진 생물무기 떼로부터 공격을 받아 생사의 갈림길에 오른다.

한편, 난민을 지원하기 위해 페남스탄에 머물고 있는 테라 세이브의 직원 클레어 레드필드는, 한 소년이 그린 이상한 이미지와 마주한다. 바이러스 감염의 희생자들을 묘사한 것으로 보이는 이 그림을 토대로, 클레어는 자신만의 지도를 그려간다. 그리고 그녀는 결국, 페남스탄 내전 중에 수행된 무시무시한 실험에 대해 알게 된다.

레온과 클레어, 두 사람은 페남스탄에서 시작된 엄청난 일, 숨겨진 진실에 차근차근 가까워지게 된다. 평화를 깨뜨릴 만한 거대한 사건이, 그들 앞에 당도했다.