여신 기숙사의 사감 군.

집이 불타고, 아버지는 실종됐고, 모아놓은 돈도 없다.
남자 중학생 나구모 코시는 도시를 떠돌다 길에서 쓰러진다.

우연히 만난 여대생 와치 미네루의 제안으로
그녀가 살고 있는 대학생 기숙사 '여신 기숙사'의 사감이 되었다.

여자 기숙사에서 코시가 만난 사람들은
남자에 대한 내성이 제로인 '초순정녀 사오토메 아테나'
부끄러울 땐 주먹이 나가는 '무투파 소녀 센쇼 키리야'
남에게 코스프레 착장을 입히는 것을 제일 좋아하는 '폭주 코스플레이어 프레이'
나태한 체육복 차림의 '전파녀 호즈미 세레네'
수상한 실험을 반복하는 '매드 사이언티스트 와치 미네루'였다.

모두가 하나둘씩 이상한 특징이 있는 문제 있는 미소녀들.
사감으로서 그녀들과 함께 지내며 알아가는 동안에 강해지는 유대.
연상 누나들에게 휘둘리는 코시의 일상이 시작된다!!