젝스 코드 리유니온

세계 각지에서 동시에 블랙 포인트에서 백, 적, 청, 녹, 흑 5개의 세계가 침공하면서 인류가 멸망의 위기를 맞아 긴 세월이 흘렀다.작중의 시간 축에서는 인류와 5개의 세계의 휴전 조약이 체결되어 잠시 평화를 맞고 있다.
원인 불명의 불치병으로 오랫동안 입원 생활을 보낸 카가미가하라 아즈미는 일본 전국에서 젝스을 파트너로 플레이어의 소녀들을 모은 후지 미사키 학원의 제1기생에 선정됐고 난생 처음의 학교 생활에 기대와 불안을 교차시키고 있었다.알고 지낸 지 얼마 안 된 파트너인 리겔과 입학식 장소로 서두르다가 역시 신입생인 소라노가와 에나를 안다.
입학식에서는 전년부터 테스트생으로 입학하고 있던 학생회장의 카미유기 아야세와 그 사촌동생으로 부회장의 카미유기 사쿠라로부터 환영을 받지만, 식 도중에 상공에서 날아온 정체 불명의 적으로부터의 공격으로 신입생들은 돌연 실전에 뛰어들게 되어 버린다.