백화요란 사무라이걸즈

후지산 기슭에 지어진 거대한 교육기관 '부오우 학원'은 무가의 자제들이 모여 교육을 받는 곳이다.
그런 만큼 토쿠가와 막부에 대해 반감을 갖고 있는 학생들은 '토요토미 사냥' 이라는 명목으로 학생회 집행부에 의해 탄압을 받고 있다.
아버지가 실종된 후 교내의 시설인 야규 도장에서 사범 대리를 맡고 있는 야규 무네아키라는 집행부의 그런 행동을 달가워하지 않아 거리를 두고 지내왔다.
하지만 학생회로부터 도장을 비우라는 명령을 받고 고민하던 무네아키라 앞에 야규 주베에라는 소녀가 나타나는데…