히마와리!

우수한 쿠노이치를 길러내기 위한 학교 사립 시노비 학원.
일반인은 들어가기조차 꺼려하는 산 속 깊은 곳에 자리잡은 시노비 학원에 어느날 두 명의 외부인이 찾아든다.
한 사람은 새로 부임하게 된 신입 교사 마리코지 하야토, 그리고 다른 한 사람은 닌자를 동경해서 학원에 입학하기 위해 찾아온 소녀 히나타 히마와리였다.
닌자답게 연을 타고 등장한 것까지는 좋았으나 대번에 높은 기둥에 걸리고 만 히마와리를 얼결에 구해준 것이 하야토.
그러나 히마와리는 하야토의 목덜미에 있는 무늬를 보고서 10년 전 자신을 구해준 닌자(라고 본인이 판단했음)가 하야토일 거라고 굳게 믿게 된다.
한편 평범한 학교인 줄만 알았던 곳이 실은 닌자 학교에다 학생들도 엄청난 기술을 사용하는 것을 보고 질려버린 하야토는 교사 자리를 거절하겠다고 하고, 히마와리 또한 엘리트 닌자로서의 자긍심을 지키려는 학생들과의 대립을 피할 수 없게 되는데...
이런저런 우여곡절 끝에 간신히 학교에 남게 된 두 사람은 과연 색다른 학교 생활에 잘 적응해 나갈 수 있을 것인지?