[명탐정 코난 극장판6기] 베이커가의 망령

2년 전 어느 소년이 높은 건물의 난간에서 뛰어내려 자살하는 일이 발생한다.
 자살한 소년의 이름은 히로키로 IT 산업의 제왕인 토마스 신드라에 의해 미국으로 건너와 공과대학에서 공부하며 인공 두뇌인 '노아의 방주'에 대해 연구 중이었다.
 히로키가 자살한 날, 히로키의 컴퓨터에서 인공 두뇌, '노아의 방주'가 인터넷 회선을 통해 탈주하게 된다.
 어느 날 코난 일행은 가상 체험 게임인 코쿤의 시연회에 초대 받는다.
 거기서 개발자인 카시무라 아키라가 살해 당하고, 가상게임의 시연 중 '노아의 방주'라는 인공지능 소프트웨어가 나타나 시스템을 점령한다.
 '노아의 방주'는 게임에 참석한 어린이들의 목숨을 건 게임을 제안하고, 코난은 게임에 참여한 아이들을 구하고 사건을 풀기 위해 영국 런던 셜록 홈즈의 세계에서 희대의 살인마 잭 더 리퍼를 뒤쫓는다.
 한편, 현실의 회장에서는 쿠도 유사쿠들이 살인 사건 수사에 나서고 있었다.
 게임 세계와 현실 세계, 차원을 사이에 둔 쿠도 부자가 사건 해결에 도전한다